داشتن کارت بازرگانی علاوه بر مزایا و محاسن فراوانی که دارد، معایب بسیار کمی نیز دارد که دانستن آن‌ها خالی از لطف نیست.
دارندگان کارت بازرگانی علاوه بر هزینه اولیه اخذ کارت، شامل قوانین مالیاتی نیز خواهند شد. علاوه بر آن در سال‌های اخیر دیده شده اشخاصی که کارت بازرگانی خود را اجاره داده‌اند، دچار مشکلاتی در این زمینه نیز شدند.